Pasa a disposición del ayuntamiento que lo destina a cárcel. Posteriormente en 1893 se convierte en cuartel con diferentes usos dentro de su vida militar, que acabó siendo cuartel de intendencia y almacén de paja y grano, encargándosele la elaboración de pan para diversas guarniciones de la Región a la que pertenecía. Fue en 1984 cuando el conjunto del colegio, junto con otros edificios que habían pertenecido a otras órdenes religiosas y que habían acabado perteneciendo al ejercito pasan a manos municipales para ser destinados a usos docentes. El ayuntamiento destina parte de la huerta perteneciente al convento a la construcción de un edificio para Archivo Municipal y cede el colegio e iglesia a esta universidad. El estado en el que se encuentra el edificio cuando es devuelto a la universidad para su rehabilitación como centro docente es lamentable. Se procede entonces a rehabilitación del conjunto en varias fases. Una primera de consolidación de las estructuras de ladrillo y madera y la reconstrucción de las cubiertas. En una segunda se acomete el acondicionamiento de la crujía norte, en otra fase la rehabilitación de la iglesia como Teatro Universitario y sala de usos múltiples, una tercera de finalización del acondicionamiento del resto del colegio y finalmente la construcción de un jardín en el espacio que aún quedaba libre de la antigua huerta. En la actualidad el edificio cuenta con 8 aulas, 3 laboratorios y 46 despachos y en él se imparten los estudios de filología clásica y moderna.
La gestión de los permisos y las tarifas de rodaje para los rodajes en el colegio de Caracciolos perteneciente a la Universidad de Alcalá se tramitan con la dirección de la misma. Desde la Alcalá Film Office ayudaremos a establecer el primer contacto.
